实验室实行管理委员会领导下的主任负责制。实验室设立学术委员会，委员由国内外科学家中选聘组成，主任1名、副主任2名。学术委员会主要任务是审议实验室的目标、任务和研究方向，审议实验室重大学术活动、年度工作，审批开放研究课题，组织成果评价。学术委员会会议每年至少召开一次，并按照《中国矿业大学煤矿瓦斯与火灾防治教育部重点实验室学术委员会工作条例》开展工作。

实验室建立健全各项规章制度，实行规范管理，目前已建立《煤矿瓦斯与火灾防治教育部重点实验室管理总则》等规章制度10余项；实验室主任负责科学研究、经费使用、制度建设、学生培养、师资队伍建设和仪器设备维护等日常工作；定期向上级主管部门和学术委员会汇报工作。

实验室实行开放、流动、联合、竞争的运行机制，积极接收国内外科研人员以访问学者和客座研究人员的身份来实验室工作，开展多种形式的国际合作和学术交流。

实验室建有独立的网站，运行正常，形成了实验室科学研究、学科建设、人才培养和合作交流的信息公开平台，并由专人负责信息统计，实验室以年报形式向外界报告研究成果，反映学术动态，交流实验室运行和管理经验，以促进本实验室工作的开展。

实验室科研氛围好，学术风气正，无违反学术道德的事件发生。